จากการที่ สกอ. ได้ออกประกาศ เรื่อง หลักเกณฑ์และแนวปฏิบัติเกี่ยวกับการประกันคุณภาพภายใน ระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2557 โดยระบุให้สถาบันอุดมศึกษามีอิสระในการเลือกพัฒนาระบบประกันคุณภาพการศึกษาภายใน ทั้งนี้ระบบการประกันคุณภาพการศึกษาภายในที่สถาบันอุดมศึกษาเลือกใช้ ต้องสนองต่อเจตนารมณ์ของสถาบันอุดมศึกษาและกฎกระทรวง ว่าด้วย ระบบ หลักเกณฑ์และวิธีการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2553 โดยอาจเป็นระบบที่คณะกรรมการประกันคุณภาพภายในระดับอุดมศึกษาพัฒนาขึ้น หรือเป็นระบบที่เป็นที่ยอมรับในระดับสากลที่สามารถประกันคุณภาพได้ ตั้งแต่ระดับหลักสูตร ระดับคณะ และระดับสถาบัน
โดยผ่านที่ประชุมคณะกรรมการบริหารนโยบายมหาวิทยาลัย คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย คือ การปรับระบบคุณภาพมหาวิทยาลัยศรีนครินทวิโรฒ เข้าสู่เกณฑ์คุณภาพการศึกษาเพื่อการดำเนินการที่เป็นเลิศ (Education Criteria for Performance Excellence : EdPEx) โดยมีเป้าหมายและแผนการดำเนินงานให้ทุกส่วนงานปรับระบบคุณภาพเข้าสู่เกณฑ์ EdPEx ภายในปีการศึกษา 2562 โดยสภามหาวิทยาลัยมีมติเห็นชอบแนวทางดังกล่าว เมื่อการประชุมครั้งที่ 11/2559 วันที่ 14 กันยายน 2559
ในการนี้ ศูนย์การแพทย์ปัญญานันทภิกขุ ชลประทาน ในฐานะหน่วยงานสนับสนุนวิชาการ มหาวิทยาลัยได้กำหนดให้ดำเนินการ AS-EdPEx โดยใช้เกณฑ์รางวัลคุณภาพแห่งชาติ (TQA) เป็นแนวทางในการดำเนินงาน